Aarhus BSS ledes af dekanen, der også er medlem af universitetsledelsen. Dekanen har det faglige og økonomiske ansvar for fakultetet. Ud over dekanen, består dekanatet af to prodekaner (prodekan for uddannelse og prodekan for forskning og talentudvikling) og administrationschefen, der tilsammen udgør fakultetets daglige ledelse. Dekanatet har det overordnede ansvar for fakultetets økonomi og drift og sætter kursen for Aarhus BSS, så denne er i overensstemmelse med fakultetets mission.
Fakultetsledelsen på Aarhus BSS består af dekanen, prodekanerne, administrationschefen og fakultetets seks institutledere. Fakultetsledelsen træffer beslutninger om de overordnede linjer for Aarhus BSS og institutterne.