Ph.d.-skolen har mulighed for at optage ph.d.-studerende med tværfaglige projekter. For eksempel hvis projektet relaterer sig til bestemte tværfaglige forskningscentre eller har et emne der går på tværs af to eller flere af de seks fagområder på Aarhus BSS. Hvis projektet er tværfagligt skal det vurderes hvilket af de 6 ph.d.-programmer det ville passe bedst ind på, hvorefter der ansøges på dette program. I fald ph.d.-skolen vurderer at det ville passe bedre på et andet ph.d.-program vil ansøgningen blive vurderet der i stedet.