Ph.d.-skolen har mulighed for at optage ph.d.-studerende med tværfaglige projekter. For eksempel hvis projektet relaterer sig til bestemte tværfaglige forskningscentre eller har et emne der går på tværs af to eller flere af de seks fagområder på Aarhus BSS. Hvis projektet er tværfagligt skal det vurderes hvilket af de 6 ph.d.-programmer det ville passe bedst ind på, hvorefter der ansøges på dette program. I fald ph.d.-skolen vurderer at det ville passe bedre på et andet ph.d.-program vil ansøgningen blive vurderet der i stedet.
De ph.d.-studerende er tilknyttet et af de 6 institutter på Aarhus BSS. Det er vigtigt, at et ph.d.-projekt enten passer ind i et af de nedennævnte forskningsmiljøer eller kan placeres på et institut, selvom projektet spænder over flere fagområder.
Dansk Center for Forskningsanalyse har en tværfaglig profil, der kombinerer både diverse forskningsdiscipliner inden for samfundsvidenskab og humaniora samt en lang række forskningsmetoder. Centrets forskning fokuserer på forskningspolitik, innovationspolitik og universitetspolitik og bidrager til både de teoretiske og empiriske fremskridt inden for området. Centeret er tilknyttet Institut for Statskundskab og dermed ph.d.-programmet i statskundskab.
Center for Rusmiddelforskning har et tværfagligt forskningsområde inden for rusmiddelforskning, der dækker antropologi, kriminologi, økonomi, medievidenskab, psykologi, social epidemiologi og sociologi. Centrets forskning fokuserer på behandling, forebyggelse, politik og forbrug af både lovlige og ulovlige rusmidler. Centeret er tilknyttet Psykologisk Institut og dermed ph.d.-programmet i psykologi.
TrygFondens Børneforskningscenter er et tværfagligt forskningscenter, der fokuserer på effektanalyse af sociale, pædagogiske og kriminalitetsforebyggende initiativer målrettet danske børn og unge. Centret anvender eksperimentelle og kvasi-eksperimentelle forskningsdesign til at måle kausalitet for at fastslå, hvad der virker. Centret har også ekspertviden, når det drejer sig om at analysere initiativers omkostningseffektivitet og rentabilitet. Centeret er tilknyttet Institut for Økonomi og dermed ph.d.-programmet i økonomi.